• 日本歴史文化知の構築と歴史文化オープンサイエンス研究（後藤 真）（2022年度～2027年度）

• 横断的・融合的地域文化研究の領域展開：新たな社会の創発を目指して（主導機関：国立歴史民俗博物館、国立国語研究所）
  • フィールドサイエンスの再統合と地域⽂化の創発（川村 清志）（2022年度～2027年度）

• 人新世に至る、モノを通した自然と人間の相互作用に関する研究（主導機関：総合地球環境学研究所）
  • 同位体による年代・古気候・交流史研究（坂本 稔）（2022年度～2027年度）

• 異分野融合による総合書物学の拡張的研究（主導機関：国文学研究資料館）
  • 延喜式のデジタル技術による汎用化（小倉 慈司）（2022年度～2027年度）

• 歴史文化資料保全の大学・共同利用機関ネットワーク事業（三上 喜孝・天野 真志）（2022年度～2027年度）

• 日本関連在外資料調査研究
  • 外交と日本コレクション―19世紀在外日本資料の世界史的文脈による研究と現地およびオンライン空間における活用（日高 薫）（2022年度～2027年度）

• 概念の多様性を包含するナレッジグラフによる分野横断型知識構築および活用に関する研究（国立情報学研究所・武田 英明（館内・後藤 真）他）（2023年度～2025年度）

環境や交流からみた日本歴史の動的研究

• 交流・環境からみたオホーツク文化・擦文文化、アイヌ文化－その成立・展開過程－（鈴木 琢也（北海道博物館）（ 館内・林部均） 他）（2022年度～2024年度）
• 東アジアからみた関東古墳時代開始の歴史像（佐々木 憲一（明治大学）（館内・松木 武彦） 他）（2022年度～2024年度）
• 先史から近代における日朝交流史像の再構築－航海・港市・交流に生きた人びとの視点から－（松田 睦彦 他）（2022年度～2024年度）

生と死をめぐる歴史と文化

• 高齢多死社会における生前から死後の移行に関する統合的研究（山田 慎也 他）（2023年度～2025年度）
• 死者への行為が形成する認識と社会変容（上野 祥史 他）（2023年度～2025年度）

課題設定型

• 秦漢時期の文字使用をめぐる学際的研究（下田 誠（東京学芸大学）（館内・上野 祥史） 他）（2021年度～2023年度）
• 映像による民俗誌の叙述に関する総合的研究－制作とアーカイブスの実践的方法論の検討（村上 忠喜（京都産業大学）（館内・川村 清志） 他）（2021年度～2023年度）
• 近代東アジアにおけるエゴ・ドキュメントの学際的・国際的研究（田中 祐介（明治学院大学）（館内・三上 喜孝） 他）（2022年度～2024年度）
• 中世日本の地域社会における都市の存立と機能の研究（田中 大喜 他）（2022年度～2024年度）

館蔵資料型

• 高度情報化による古代中世の寺院および荘園の総合的研究 ―額田寺伽藍並条里図と栄山寺寺領文書を中心に―（下村 周太郎（早稲田大学）（館内・仁藤 敦史） 他）（2021年度～2023年度）

歴博研究映像

• 歴博研究映像の総合的活用の方法論の構築―沖縄地域の映像を中心に（春日 聡（多摩美術大学）（館内・内田 順子） 他）（2022年度～2024年度）

館蔵資料型

• 小渡遺跡を中心とする十腰内文化の研究（阿部 昭典（千葉大学）（館内・中村 耕作） 他）（2023年度～2025年度）

• 『年中行事』の基礎的研究（堀井 佳代子（京都精華大学）（館内・小倉 慈司））（2023年度）
• イソガネの形状と機能に関する研究（瀬川 渉（横須賀市自然・人文博物館）（館内・松田 睦彦））（2023年度）
• 雑誌『SOGI』から見る近年の葬儀の変化についての研究（宮澤 安紀（國學院大學研究開発推進機構日本文化研究所）（館内・ 山田 慎也））（2023年度）
• 近代日本農村における家事科教育に関する歴史的研究（徳山 倫子（京都大学）（館内・樋浦 郷子））（2023年度）
• 『頼資卿改元定記』の利用とその伝来に関する研究（中島 皓輝（明治大学大学院）（館内・田中 大喜））（2023年度）
• 「三大考」論争関係資料の調査研究（三ツ松 誠（佐賀大学地域学歴史文化研究センター）（館内・天野 真志））（2023年度）